09 de agosto de 1945.

Nagasaki não era alvo preliminar. Este era Kokura. Os três alvos potenciais para a segunda bomba eram Kokura, Kyoto e Niigata. Nagasaki foi somente adicionado à lista de alvos potenciais quando Kyoto foi retirado (tinha sido o alvo secundário para uma segunda bomba) por causa das suas associações religiosas. O terceiro alvo potencial era Niigata - mas este foi retirado da lista devido à distância ser considerada demasiado grande. Consequentemente ficaram apenas dois alvos - Kokura e Nagasaki.

O B29 "Bockspur" rumou ao seu alvo preliminar, Kokura, depois de verificar-se que o céu estava desobstruído sobre a cidade. Chegado lá, encontrou a cidade escondida pelas nuvens . Sweeney sobrevoou a cidade 3 vezes mas não encontrou uma abertura que lhe permitisse largar a bomba. Com falta do combustível, decidiu rumar para o outro alvo - Nagasaki. Sweeney só tinha combustível para um sobrevoou da cidade e já não conseguia voltar a Tinian. Teria que aterrar em Okinawa.

Às 11 horas Fat Man foi largada do avião e destruiu Nagasaki. "Fat Man"' era uma bomba muito eficaz. A sua explosão era mais forte do que a do "Little Boy" (Hiroxima) mas o seu impacto foi reduzido pela topografia natural da cidade. Onde a explosão da bomba atingiu o seu peak, os danos maciços aconteceram. Uma área aproximadamente 2,3 milhas por 1,9 milhas foi destruída mas outras partes da cidade ficaram conservadas. Curiosamente, o serviço ferroviário da cidade não foi interrompido e os danos de fogo que aconteceram em Hiroshima não ocorreram em Nagasaki.

Em Hiroxima morreram 80.000 pessoas e 60.000 edifícios (de 90.000) foram destruídos. Em Nagasaky morreram 35.000.